Автономные образовательные учреждения теоретически создаются для благих целей, однако на практике органы государственной власти и местного самоуправления используют их для того, чтобы осуществлять закупки в обход требований Закона, регламентирующего их для государственных и муниципальных нужд. В скором времени вследствие злоупотребления правом автономных учреждений могут пострадать и вполне законопослушные автономные учреждения, лишившись одного из последних преимуществ существующего правового положения автономных учреждений.