Каждый педагогический конфликт имеет свои специфические причины возникновения, основными из которых являются недостаточная согласованность и противоречивость целей отдельных групп и работников, невозможность достижения поставленных целей старыми средствами, противоречия между целями и средствами, изменение цели но не изменение средств, противоречия между тактикой и стратегией развития, возникновения основных очагов напряжённости, коренная переоценка ситуации или её коренное изменение, нечёткое разграничение основных положений звеньев управления в организационных структурах, ограниченность ресурсов, недостаточно высокий уровень профессиональной подготовки педагогов, необоснованное публичное порицание одних сотрудников и незаслуженная похвала других, противоречия между правами и должностными обязанностями работников, различия в манере поведения работников и их жизненном опыте, неопределённость перспектив служебного и педагогического роста, недостаточность благожелательного внимания со стороны руководителей, неблагоприятные условия труда, морально-этические, политические, религиозные различия и т.д.